L'église de Saint Jean de Molières est postérieure à la création de la bastide, à la fin du XIIIe siècle (1272-1282).
L'édifice possédait à l'origine une nef unique de 35 mètres sur 12 mètres, se terminant à l'Est par un chevet plat, et cantonnée en façade par deux tours de plan carré.

Les quatre travées de la nef, exceptionnellement larges, étaient couvertes de voûtes d'ogives et renforcées par des contreforts.

Dès 1771, les voûtes effondrées furent remplacées par un lambris plusieurs fois reconstruit jusqu'à la dernière restauration de 1982 qui fit couvrir l'église d'une charpente apparente.