L'église protestante du Fleix date de la réforme. Le culte étant officiellement autorisé en 1587.
Le premier temple du Fleix, qui existait encore en 1679 et devait se situer à l'entrée du village fut probablement démoli après la révocation de l'Edit de Nantes.

Le temple actuel est le principal pavillon du château du Fleix qui avait remplacé celui qui existait encore au XVIe siècle. 

La fête de dédicace du temple eût lieu en juillet 1801. Des travaux de restauration eurent lieu en 1898-1899.
L'inauguration du temple rénové eût lieu le 9 mai 1899.